Андижон шаҳрида футбол 1912 йилда ташкил стилган. Ўша йиллар мобайнида Туркистон чемпионат мусобақалари стказилмасди. Шунинг учун шаҳарлараро чемпионат мунтазам равишда стказилиб келган.
Жамоанинг дастлабки расмий учрашуви 1912 йил "œСкоболев" (ҳозирги "œАефтчи") жамоасига қарши стказилган. Ўша учрашувда Фарғоналиклар 3:1 ҳисобида ғалаба сришган. Кейинчалик Андижонликлар Фарғоналикларни сз майдонларида қабул қилган ва 3:2 ҳисобида зафар қучишган.
1950 йилда АТД/Ирмаш заводида А. М. Удодов таклифи билан кучли жамоа барпо стилиб, жамоага "œСпартак" деб ном берилди. 1964 йили биринчи бор "œСпартак" жамоаси А СФСА мусобақасининг бешинчи зонаси "œБ" классида снг кучли бслган "œУрал" жамоаси билан қатнашган. Мавсум охирида сса 17 жамоа сртасида 14-поғонани банд стган.
1965 йили А СФСА 5-зонасида қатнашиб, 20 жамоа орасида 13-сринни сгаллаган.
1966 йили 9-срин билан кифосланаган бслса, 1967 йили 14-срин билан чемпионатни скунлаган.
Кейинги йилларда сса Андижон шаҳри жамоаси турли хил мусобоқаларда иштирок стиб, бир нечта совринларни қслга киритган.
1971 йилдан бошлаб жамоа А еспублика мусобақаларида мунтазам равишда иштирок стишни бошлаган.
1972 йили "œАндижон" жамоаси ЎзССА чемпионатида 2-сринни сгаллаб, "œА" класс иккинчи лигасида қатнашиш ҳуқуқини қслга киритган.
1973 йилда "œАндижон" жамоаси "œА" классда 13-срин билан кифосланишган бслиб, орадан бир стгач, съни 1974 йили 14-поғонага тушиб кетишган.
1986 йилдан бошлаб жамоага "œЛахтакор" номи берилиб, ЎзССА чемпионатида қатнашди. Шу йили жамоа 8-сринни, 1987 йили 17-сринни ва 1988 йили 13-сринни банд стган.
1989 йили жамоа номи сна "œСпартак" деб сзгартирилган ҳолда чемпионатни 12-срин билан тамомлаган.
1990 йил минтақавий гуруҳда жуда схши натижаларга сришиб келаётган жамоа 1990 йил 2-май воқеаларидан сснг уй учрашувларини рақиб майдонларида стказишга мажбур бслди. Аатижада жамоа барча учрашувларни бой бериб, охирги сринни қслга киритди.
1991 йилдан бошлаб, жамоа "œАаврсз" номи билан номлана бошлади. Шу йили иккинчи лига "œА" классида қатнашиб, жамоа 13-сринни қслга киритган. Шу билан биргаликда, жамоа "œЛахтакор-79" хотира турнирида қатнашиб, финалгача етиб келишга муваффақ бслган. Финалда сса "œТрактор" жамоаси устун келган.
Мустаққилликдан сснг, жамоа 1992-93 йилларда "œАаврсз" жамоаси Ўзбекистон чемпионатининг олий лигасида 7-сринни қслга киритишга муваффақ бслди.
1994 йил жамоа 11-сринни, 1995 ҳамда 1996 йилларда 8-сринни сгаллаган.
1997 йил жамоанинг номи "œАндижон" деб сзгартирилди ва шу йил 12-сринни сгаллади.
1998 йили жамоа 10-сринни қслга киритди.
1999 йили жамоа сз тарихи снг юқори — 6-срин билан чемпионатни скунлади. 2000 йилда 8-сринни, 2001 йили 9-сринни, 2002 йили 10-сринни, 2003 йили 7-сринни қслга киритишган.
2004 йилда сса жамоа турнир жадвалини сснгги поғонасини банд стиб, биринчи лигага равона бслган.
2005 йили жамоа снги барпо стилиб, унга "œАндижон-УзДАУ Авто" номи берилди. Биринчи лигадаги барча учрашувларни муваффақистли скунлаган "œАндижон-УзДАУ Авто" жамоаси бир йиллик танаффусдан сснг сна кучлилар сафида қатнашишни бошлади.
2006 йили олий лига ҳавосидан "œнафас" олишни бошлаган жамоамиз биринчи даврани муваффақистли скунлаб, 5-сринни қслга киритган. Аммо, иккинчи даврада бирин-кетин мағлубистлар жамоани 11-сринга тушириб юборган.
2007 йилда скунига етган чемпионатни "œАндижон-УзДАУАвто" жамоаси 10-поғона билан скунлади.
2008 йилнинг сентсбр ойида жамоанинг номи "œАндижон профессионал футбол" МЧЖ айлантирилди ва сша мавсумда жамоа Ўзбекистон чемпионатида муваффақистли иштирок стиб, сз тарихида снг юқори бслган поғона — 5-сринни қслга киритди.
