Hüdâyî Hazretleri, üstâdı Üftâde'nin vefatından sonra Şeyhülislâm Hoca Sâdeddin Efendi'nin delâletiyle İstanbul'a yerleşti.
O'nun Üsküdar'da kurduğu dergâh, kısa zamanda her tabakadan insana hitab eden mâneviyat ve irfân mektebi hâline geldi. Cihan sultanlarının teveccüh ve alâkasını celb etti. Onları da dergâhın dervişleri arasına kattı. Husûsiyle III. Murâd Han, I. Ahmed Han, II. Genç Osman Han ve IV. Murâd Han, Hüdâyî Hazretleri'nin yakın irşâdına mazhar oldular. Hüdâyî Hazretleri, bunlardan IV. Murâd Han'ın kılıç kuşanma merâsiminde bizzat bulunmuş ve âdet olduğu üzere Ebû Eyyûb el-Ensârî Hazretleri'nin türbe-i seâdetlerinde Hazret-i Ömer'in kılıcını yeni pâdişâha bizzat kuşandırmıştır.
***
Azîz Mahmûd Hüdâyî Hazretleri'nin İstanbul'a geldiği yıllarda Osmanlı tahtında III. Murâd Han bulunmaktaydı. Bu pâdişâh, başlangıçta gerek Devlet-i Aliyye'nin geniş sınırlarına ve ihtişâmına, gerekse yaşının gençliğine ve zindeliğine aldanarak aşırı bir güven ve rahatlık içinde hareket ediyordu. Bu sebeple birtakım noksanlıklar da hâliyle yaşanıyordu. İşte bunu farkeden Hüdâyî Hazretleri, hiç kimsenin cür'et dahî edemeyeceği bir vazîfeyi, yâni sultanı irşâd vazîfesini zarûreten üstlendi. III. Murâd Han'a onu Hakk ve hakîkate yönlendirici mektuplar yazdı. Bu mektupların, mâhiyetlerine göre, gerektiğinde yumuşak, gerektiğinde sert bir üslûbu hâiz olması, Hazret-i Hüdâyî'nin bu irşâd vazîfesinde ne kadar salâhiyet, tasarruf, nüfûz ve te'sîre mâlik olduğunu göstermesi bakımından câlib-i dikkattir. Zîrâ celâdeti sebebiyle III. Murâd'a bu îkâzların, yüksek seviyede bir mânevî tasarrufu bulunmayanlar tarafından yapılması mümkün değildi. Muhtelif zamanlara âid mektublardan bazı bölümler şöyledir:
"-Sultanım! Şerîat gemisine binip takvâ yelkenlerini açarak hakîkat denizinde Hakk'a muhabbet rüzgârıyla itidal ve istikamet üzre yol al! Zâhirin ve bâtının şartlarını, yâni şerîat ahkâmı ile tarîkat ve hakîkat esaslarını tam olarak yerine getir! Adâlet dedikleri, işte budur.!"
"-Seâdetli Pâdişâhım! Sizin saltanatınız zamanında olan kuvvet, kudret ve şevket hiçbir zaman olmamıştır... Ancak biliniz ki, Allâh ve Rasûlü'nün biricik arzusu, zulmün kaldırılıp adâletin ikâmesidir. Bid'atlerin atılıp sünnetlerin icrâsıdır."
"-Sultanım! Allâh'ın kulları sizden şefkat ve merhamet bekler. Eğer halka şefkat ve merhametle muâmelede bulunmazsanız ihânet etmiş olursunuz! Bu durumda onlar, kırık gönüllerle nefret içerisinde sizden yüz çevirirler. Yapageldikleri hayır-duâyı da keserler..."
"-Sultanım! Sakarya suyunu geçip odun tedârikini murâd etmişsiniz. Halk bundan çok memnun olmuştur. Zîrâ ihtiyaç çoktur. Merhûm dedeniz Sultan Süleyman Han, Kâğıthâne suyunu getirip halka bununla ziyâfet çekmişti. Siz de odun getirerek fukarâyı sevindirdiniz."
"-Sultanım! Bizim işimiz ashâb-ı gurur ve gaflet olanları nasîhat ve vaaz ile îkâz ve irşâd eylemektir. Takvâ yoluna girip amel-i sâlih işlemeye teşviktir. Böylece ıslâh edici sâlihlerden olmak, Cenâb-ı Allâh'dan murâdımızdır. Müfsid ve müstedriclerden olmaktan Allâh'a sığınırız."
Bu şekilde kıymetli nasîhat ve irşâdlarıyla başta sultan olmak üzere bütün devlet ricâli arasında te'sîr ve nüfûzu artan Hüdâyî Hazretleri, Ferhad Paşa ile Tebriz seferine de katılmış ve orduya manevî kumandanlık yapmıştır.