Tarix va iqtisodga oid asarlari
Tarixi muluki Ajam (Ajam shohlari tarixi,1488) qisqa tarix bolib, Eron shohlari xronikasi bayon qilingan Tarixi Tabariy, Shohnoma asarlarini mantiqan toldiradi, ulardagi faktlarni izchil ilmiy tizimga soladi. Afsonaviy shoh Kayumarsdan sosoniylarning songgi vakili Yazdi Shahriyorgacha bolgan shohlar tarixini, mifologik talqinini beradi.
Tarixi anbiyo va hukamo (Paygambarlar va hakimlar tarixi, 1485-1498) asarining birinchi bolimida Qissasul-anbiyolar ananalarini davom ettirib, Odam alayhis-salomdan Nuh, Iso, Muso, Yaqub, Sulaymon, Yusuf, Dovud kabi paygambarlar tarixiga oid qissalar keltiradi. Navoiy Luqmoni hakimga ham anbiyolar qatoridan joy beradi. Asarning Hukamo zikrida deb nomlangan ikkinchi bolimida insoniyat tarixida chuqur iz qoldirgan donishmand hakimlar Fishogurs, Jomosp, Buqrot, Suqrot, Aflotun, Arastu, Bolinos, Jolinus, Batlimus, Buzurgmehr haqida ibratli hikoyalar keltiradi, ularning donishmandligi, ilmiy kashfiyotlari siri qisqa satrlarda talqin qilinadi.
Vaqfiya (1481) asarida vaqf yerlari, mulklari, ularning miqdori, ulardan foydalanish, vaqf mulki va mablagi evaziga quriladigan bino va inshootlar, bu yonalishda madrasa va xonaqohlarda ornatilgan tartiblar haqida fikr yuritdi. Navoiy oz ixtiyoridagi mablaglar hisobiga qurilgan xayriya muassasalari, ilmiy-madaniy binolar va boglarni sanab otdi. Asar Navoiy va Husayn Boyqaro munosabatlarini organish uchun ham muhim hujjatli manbadir.
Tarix va iqtisodiy yonalishdagi asarlari N.Veselovskiy, Yakubovskiy, Ya.Gulomov, V.Zohidov, B.Ahmedov kabi olimlar tomonidan organilgan.